造成输卵管堵塞的主要原因就是感染，尤其是盆腔的炎症性疾病。感染可能原因包括阑尾的穿孔、流产后的感染、手术以后的并发症，如子宫内膜异位症，或者是外科手术造成的炎症状态，由于黏连可以导致输卵管的闭塞，罕见的是胚胎源性的输卵管缺如，这也是一个不孕的因素。病因也可能是医源性的，比如输卵管结扎，虽然盆腔炎症性疾病可能会引起多种微生物感染， 但是衣原体是引起不孕的主要原因，在应用抗菌治疗之前，对输卵管的损伤可能依旧存在，有时感染可能是亚临床型的。诊断和治疗前已经存在输卵管中数月之久，现在高度怀疑衣原体的感染，通过免疫病理机制损伤了输卵管的黏膜，而奈瑟氏菌通过相关的细胞毒性，其它隐性感染的病原菌，包括人性的支原体和内源性的需氧菌和厌氧菌。感染性流产是输卵管因素不孕的另一个高危因素，术前检查包括细菌性的阴道病和宫颈炎，必要的时候行培养和血清学检查。人流术后，常规预防应用抗生素。