吗丁啉属于胃动力药，不宜久服。长期服用不仅可能出现耐药性，同时还有可能引起不良反应发生频率和程度的增加。
由于吗丁啉在心血管方面可能引起严重不良反应，2014年欧洲药品管理局建议在全欧盟范围内更改其使用适应证，限制其仅用于缓解恶心和呕吐症状。在儿童使用中限制剂量，并根据体重慎重调节剂量。
并建议在成人和体重超过35kg的青少年中，将剂量减少至10mg，每日最多三次，服用不超过一周。这一减少后的推荐用量与国内的获批剂量是相同的，因此吗丁啉短期服用、适量服用相对安全，不可以长期服用。