男性输精管结扎术后严重的并发症极为罕见，大约有50%的人经历了有阴囊肿胀、瘀斑和局部的疼痛症状，但这些症状大多数症状都比较轻微，多数在1-2周内自然缓解。
输精管结扎术的近期并发症包括了血肿、感染、痛性精子结节、附睾淤积症及性功能障碍，总体的发生率大约为2%，需要住院的严重并发症罕见，并发症发生率以医生的经验显著相关，其它非结扎输精管绝育的方法，如输精管粘堵法、栓堵法等这些技术的并发症，发病原因及处理的原则与输精管结扎术大致相同。