滤泡性咽炎主要为病因治疗以及对症治疗，去除病因治疗是目前滤泡性咽炎的主要治疗方法，去除病因包括戒烟酒、改善工作以及生活环境、避免粉尘以及有害气体、积极治疗鼻炎和鼻咽炎等慢性炎症。
对于胃食道反流的患者，服用抑酸制剂等等。
药物治疗包括口腔含服咽炎含片，如薄荷含片、碘含片等等，也可以用20%的硝酸银涂抹于咽部，可烧灼咽喉壁肥大、增厚的淋巴滤泡，但是注意此药具有一定的刺激性，专业医生才可以操作。
另外，手术治疗，可以用低温等离子消融术进行烧灼或者是冷冻。中医治疗，慢性咽炎是脏腑阴虚、虚火上饶，治疗时以滋阴清热为主。