含牙囊肿要进行手术，先进行局部麻醉，如果囊肿比较小，局部麻醉即可，如果含牙囊肿非常大，可以选择全身进行麻醉。
手术切口可以选用口内切口，也可以选择口外切口，一般囊肿比较小，要选择口内切口，如果是位于下颌角下颌升支的巨大含牙囊肿，可以选用口外切口。口内切口一般是从牙槽嵴进行切开，做角形切口或者是梯形切口。
然后分离牙龈、牙槽黏膜和骨膜，暴露牙槽骨和颌骨，如果囊肿已经比较大，表面的骨皮质已经破坏，就可以直接沿着囊壁进行钝性剥离。再分离囊肿当中含的牙齿，然后将囊肿和牙齿一起摘除，进行反复冲洗以后，再进行缝合。