膀胱灌注的药物，常用的有化疗药物以及免疫治疗的药物，常用的化疗灌注药物有吡柔比星、表柔比星、多柔比星、羟基喜树碱、丝裂霉素、吉西他滨等等，而膀胱灌注免疫治疗的药物主要是卡介苗。膀胱电切术以后，即刻膀胱灌注化疗能够显著降低非肌层浸润性膀胱癌的复发率，其原理是术后即刻灌注化疗，能够杀灭手术当中播散的肿瘤细胞以及创面残留的肿瘤细胞。
为了预防细胞种植，应该在术后24h以内尽早完成膀胱灌注化疗，而利用卡介苗进行膀胱灌注，免疫治疗肿瘤，确切的作用机制尚不清楚。目前认为卡介苗对膀胱癌的治疗作用，是通过直接杀伤肿瘤细胞或者诱导体内非特异性免疫反应，引起Th1细胞介导的免疫应答，从而间接发挥抗肿瘤作用。