卵巢癌的肿瘤标志物主要是CA125和CA19-9，目前这些年发现HE4也是卵巢癌的一个比较敏感的肿瘤标志物。在发生卵巢癌之后会查肿瘤标志物，其中CA125和CA19-9应用的最多，一般浆液性囊腺癌CA125会明显增高，一般会超过600U/mL以上，甚至有的人会超过1000U/mL以上。黏液性囊腺癌或者恶性畸胎瘤CA19-9会明显增高，CA19-9的值有可能大于600U/mL，甚至大于1000U/mL。
我们可以通过观察卵巢癌肿瘤标志物的变化，来确定卵巢癌治疗的效果，以及卵巢癌是否有复发。在手术后和化疗后卵巢癌的肿瘤标志物会下降。如果经历三次化疗，卵巢癌的肿瘤标志物已经恢复正常，这样的情形常常提示患者的预后比较好。如果全部化疗都结束之后，肿瘤标志物在正常的状态下，在以后复查的过程中再次发现肿瘤标志物上升，这时常常提示卵巢癌的复发。