肛窦是位于直肠肛管部位的一个正常解剖结构，由于其位置的特殊性，肛窦较容易存匿大便和受到大便的损伤。
长期腹泻和便秘的患者，由于大便对肛窦部位产生过多的冲击和刺激，局部会形成较小的损伤，损伤迁延不愈，在大便的污染之下便容易形成肛窦炎。
肛窦炎主要的后果是容易导致肛周的脓肿和感染，肛窦炎和肛瘘常常是密不可分的。
为了减少肛窦炎的发生，应注意饮食控制，保持大便的通畅，尤其要减少刺激性食物的摄入，并且要注意减少吸烟、饮酒等情况，因为这些不良习惯，均是造成直肠刺激的重要因素。