三个月宝宝咳嗽、有痰，多是由呼吸道感染导致，常见的疾病有急性上呼吸道感染、急性支气管炎、支气管肺炎，通常治疗措施如下：
1、基本护理：需要保持室内适宜的温度以及湿度，多喝温水，可以稀释痰液，如果宝宝痰液过多，可以采取侧卧位叩背，促进痰液的排出。
2、口服药物：可以口服止咳祛痰的药物，如安儿宁颗粒、百蕊颗粒等，如果痰液过多，可以口服盐酸氨溴索促进痰液的排出。
3、雾化吸入：如果宝宝咳嗽频繁，可以进行雾化吸入治疗，常用的有布地奈德、异丙托溴铵、硫酸沙丁胺醇等。
4、及时就诊：需要注意合并细菌、支原体、衣原体感染的可能，需完善相关的检查，加用适当的抗生素治疗。如果宝宝出现不吃奶、呼吸急促、口周发绀、状态反应差，需要及时就医治疗。