沙眼衣原体核酸阳性，提示体内有沙眼衣原体的感染。沙眼衣原体感染可以引起沙眼以及成人的包涵体结膜炎，此外沙眼衣原体还可以引起泌尿生殖系统的感染，主要是通过性传播，所以沙眼衣原体也是性传播疾病很重要的病原体。如果是育龄期女性引起了生殖系统的感染，可以造成异位的妊娠，也可以引起流产、早产、死胎以及低体重儿。
另外，其也可以通过母婴传播传染给胎儿，新生儿出生之后可以引起先天的结膜炎，也可以引起肺炎。除了以上的疾病之外，沙眼衣原体还可以引起性病的淋巴肉芽肿、肛周炎，以及直肠炎。对于沙眼衣原体的感染者，如果确定核酸阳性，应该采取积极的抗感染治疗。