新生儿染色体异常的表现在新生儿出生之后就可以有一些特殊的临床表现，如新生儿常常表现为低体重儿、小于胎龄儿，也就是宫内生长发育迟缓
新生儿出生后体重不增、发育迟缓、小头畸形、特殊面容、唇腭裂、小下颚、眼部畸形、眼距比较宽、耳型及耳位的异常。
其次是多系统的受累，如神经系统、骨骼系统、心血管系统，尤其是容易合并先天性的心脏病，胃肠道的疾病常合并胃肠道先天畸形，如肠闭锁，泌尿生殖道系统的异常，有些会有皮肤纹理的异常。
临床中最常见的是21-三体综合征，表现为鼻梁扁平、眼距比较宽、通贯掌、颈部皮肤松弛等等。总之，新生儿染色体异常往往都有一些特殊的表现，根据以上特殊的表现可以做出初步的筛查。