骨水泥的副作用很大，其中最大的副作用是骨水泥反应，临床表现为缺氧、血压降低、心律失常、肺血管阻力增加和心跳骤停。通常在髋关节置换或膝关节置换应用骨水泥的过程中发生，是人工关节置换患者术中死亡的重要原因。
副作用有时候很轻，会造成患者的意识障碍、缺氧、短暂血压下降、血清转氨酶升高、血栓性静脉炎、浅部或深部的伤口感染、异位骨化、周围神经的损伤，这些都是骨水泥的副作用，在用骨水泥的时候一定要避免副作用的发生。