扁桃体结石主要是由于扁桃体的慢性炎症，导致扁桃体隐窝的隐窝口的炎症，隐窝内经常有食物残渣、上皮脱落、细菌、黏液等形成的存留物，时间长了钙化形成结石。
通常一些小的结石，病人没有任何症状，通过CT或者X光，有的时候可以发现，如果这个结石比较大，张口可以看到扁桃体上有一些白色或淡黄色样结石样物，如果没有症状可以观察。
如果有症状，比如有异物感、烧灼感，有些病人有疼痛，可以用棉签轻轻的将结石样物清除，口腔要用漱口水、含片经常进行治疗，如果结石比较大，并且反复发作，可能要做扁桃体的切除手术。