植物神经功能紊乱主要是交感神经和副交感神经功能紊乱所造成的，病因有很多，主要可以分为原发性和继发性。
原发性是找不到病因的，如家族遗传性或功能性，由于过度紧张、劳累和精神、心理因素所引起，还有的是继发某些疾病所引起来，如多系统萎缩，患者植物神经功能紊乱比较突出，有出汗异常、尿便障碍和直立性低血压，还可以有锥体外系和小脑症状。
此外，周围神经病中的格林-巴利综合征也可以明显引起植物神经功能紊乱，患者表现为心律问题，心跳过快或容易出现心慌、气短等症状，特发性直立性低血压也可以引起明显的晕厥。
另外，副肿瘤综合征和风湿免疫性疾病，如干燥综合征、系统性红斑狼疮等，很多病因都可以引起植物神经功能紊乱。