肝恶性肿瘤通常指肝癌，肝癌核磁共振表现与肝癌增强CT类似，都是利用肝癌病灶的特殊供血显示。核磁共振增强扫描肝癌病灶动脉期，由于动脉血供血丰富，病灶表现明显强化，核磁共振上为高信号，门脉期和延迟期呈低信号，反映肝细胞肝癌的病灶快进快出的一种特征。
核磁共振成像是利用氢原子核在强磁场内发生共振产生的信号，经图像重建的一种成像技术，在肝癌诊断方面，其敏感性和特异性明显高于CT扫描。除了与增强CT原理类似的肝癌快进快出的表现外，核磁共振还有弥散加权成像和肝细胞特异性摄取，增强剂能明确肿瘤细胞与正常细胞因水分子扩散速度的差异，而通过表现摄取的不同区分良恶性肿瘤。一般肝细胞摄取增强剂多，而肝癌摄取少，核磁共振下即表现为肝癌的低信号。因此，核磁共振可以比增强CT更能明确的诊断肝癌。核磁共振也是无创影像检查中最准确的检查方法，临床上一般都可以诊断出绝大部分的肝癌。