角化囊肿的癌变几率比非角化囊肿的恶性几率要高一些，大约可以达到10%-20%之间。角化囊肿的癌变几率取决于患者具体情况，以及治疗方法，如果没有进行对症治疗，角化囊肿非常容易反复发作，会存在恶性转化的可能性，虽然这种可能性比较低，但是也有一定的几率会发生癌变。
角化囊肿的恶变率高于非角化囊肿，所以在治疗时应当注意彻底性、复发性，对于较大的角化囊肿应当积极进行治疗。角化囊肿应当在正常骨组织中切除，以保持颌骨的连续性，在摘除后可填充自体松质骨。由此可以看出，角化囊肿的恶变几率与治疗方式存在很大联系，建议患者患有角化囊肿后应当积极进行治疗。