由于含牙囊肿相对创伤较大，目前大部分含牙囊肿是在全麻下进行的，所以含牙囊肿应该入院治疗，入院后术前先予患者进行术前检查，术前检查包括胸片、心电图、血液常规、凝血功能，以及传染病方面，排除手术禁忌后，一般会向患者交代手术风险，然后实施手术。手术一般是在麻醉下进行，患者在手术过程中并没有不适的感觉，术中会切开相应部位，暴露囊肿后将囊肿连同牙齿一并摘除，然后进行伤口缝合，术后对症应用药物1-2天，观察伤口无明显感染后即可出院。