脊髓空洞症的手术方法有很多，早年的方法包括脊髓空洞穿刺术，脊髓进行切开，空洞引流加空洞腔内支架植入术，双补填塞肌肉以及交通性脊髓空洞的脑室分流术等。目前，以脊髓空洞分流术和颅后窝减压术最为常用，其中颅后窝减压术多用于明确小脑扁桃体下疝所引起的脊髓空洞症，而脊髓空洞分流术多用于无明显小脑扁桃体下疝或虽有小脑扁桃体下疝与脊髓空洞症的严重程度不相符的病例。此外，对于前方形成压迫的患者，还可以行前路减压术。