克罗恩病的关节炎可以全身治疗，包括柳氮磺吡啶类的药物，或者糖皮质激素、硫唑嘌呤等。使用前应该排除一下肠结核，如果鉴别比较困难，可以试行2-3个月抗结核治疗。另外，达到70%以上的人需要外科的治疗，急性者往往会误诊为急性阑尾炎而切除手术。一旦发现是克罗恩病关节炎病，就不能行阑尾切除，否则可能会出现肠瘘。手术的适应症，包括不可逆性的肠狭窄或者肠梗阻、穿孔、大出血，手术效果可能不如溃疡性结肠炎好，复发率可能也很高。对症的治疗，急性期可以安静地卧床休息，避免劳累，精神的刺激，应给予高热量低脂肪营养，它的预后是非常好的。