肺脓肿一般情况下不致命，肺脓肿确诊后经过积极治疗，一般可治愈。肺脓肿确诊后选抗用生素治疗，由于肺脓肿常见致病菌是厌氧菌，使用的抗生素要覆盖厌氧菌，如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等，同时完善痰培养检查。
根据药敏结果试验更换抗生素，使用抗生素治疗时注意痰液引流，包括体位引流和使用祛痰药物，常用祛痰药物包括氨溴索、桉柠蒎、乙酰半胱氨酸等。经过上述治疗无效时，可以考虑介入治疗，采取支气管镜治疗，支气管镜治疗可局部给药，促进痰液引流，必要时考虑手术治疗方法。