新生儿心肌损伤大部分可以治愈，因为按照引起心肌损伤常见的原因，还是以缺氧、缺血为主，如宫内窘迫、宫内感染导致其发生窒息、缺氧，是引起新生儿心肌损伤常见的原因。随着病因的去除，损伤的心肌会逐渐被治愈。但是一些特殊情况，如遗传代谢性的疾病，由于代谢底物不能排出，在体内堆积，可能引起多脏器的损伤，尤其是心肌的损伤。此种情况下，如果针对代谢性疾病的原发病，没有特效的治疗方法，心肌损伤会进行性的加重。
因此，导致新生儿心肌损伤的原因不同，最后治愈的效果也不同，如果以缺氧为主，大部分治疗效果都比较好，可以治愈。