牙周炎是细菌感染性疾病，根本病因是细菌。治疗的时候选用抗细菌药对它有一定的作用，但是这些药物都是治标不治本的。
牙周炎的根本治疗办法是祛除病因，引起细菌的病因有每天刷牙的口腔卫生习惯、口腔里有不良的修复体，或者跟平时的全身系统疾病，比如血糖控制的不好、高血压吃了硝苯地平之类的药物，会促进牙周炎的发展。
牙周炎没有特效的药物，正规的医院牙周治疗都是以临床治疗为主，只有极少数重度的牙周炎或者伴有全身疾病的牙周炎才需要药物辅助治疗。