疱疹性咽峡炎和手足口病是两种不同的疾病，是由于两种不同的病毒导致，因此在治疗方法上也不相同。疱疹性咽峡炎往往以咽喉部位的咽峡出现疱疹为主，会导致咽峡部位出现口腔糜烂、疱疹、疼痛、肿胀等一系列的症状，而且也很可能会伴有发热等全身性的症状。随着病情加重，很可能会导致病毒性的气管炎、病毒性的肺炎等全身的症状。
而手足口病则是以手心、脚心水疱样的皮肤改变为主，同时伴有口腔糜烂和口腔的溃疡等症状，也很可能会伴有发热。如果病情持续加重，也会导致病毒性的肺炎，这两种疾病最大的区别就在于患有疱疹性咽峡不会导致出现手心、脚心的皮肤症状。