肠套叠分为儿童肠套叠和成人肠套叠，儿童肠套叠多见于8-24个月的患儿，多为原发性肠套叠，其发病原因不明。
最常见的诱因可能是由于上呼吸道感染或者腺病毒、轮状病毒感染引起腹泻，或者进食生冷、不易消化的食物后引起肠道蠕动节律紊乱导致肠套叠。
有极少数儿童肠套叠是由于肠道局部炎症、肠道发育异常，如梅克尔憩室、肠息肉等原因引起的。成人肠套叠90%以上都是继发性肠套叠，最常见的是由于肠息肉、肠道肿瘤、小肠憩室及肠道蛔虫等原因引起的。