结肠癌的病因还没有完全清楚，目前认为是遗传因素和环境因素综合作用的结果。从遗传学的观点来看，结肠癌可以分为遗传性，也叫家族性结肠癌，和非遗传性也叫作散发性结肠癌。
典型的遗传性结肠癌，是家族性结肠息肉综合征和家族遗传性非息肉病结肠癌，而非遗传性结肠癌主要由环境因素引起基因突变导致，在环境因素中最重要的是饮食因素，高脂肪饮食、吃蔬菜、水果过少或者纤维素摄入不足等，是导致发生结肠癌的重要原因。
此外，结肠腺瘤性息肉是一种癌前病变，是导致结肠癌的高危因素，所以发现结肠息肉应该及时处理，防止癌变，结肠的慢性炎症也可以诱发癌变。