关于流感病毒最可怕的一个特点，仁者见仁，智者见智，通常认为流感病毒的变异，而使人体的原免疫力对病毒流感病毒完全失效和部分失效，从而引起流感的流行，甚至可以引起大流行，是临床中作为比较棘手的问题。因为流感病毒根据内部核蛋白抗原性不同，可将流感病毒分为甲、乙、丙三型，再根据外部抗原血凝素和神经氨酸酶的抗原性差异，将流感病毒分为不同的亚型。
抗原变异是流感病毒独特最显著的特征，甲型流感病毒极易发生变异，主要是血凝素H和N-乙酰神经氨酸的变异。甲型流感病毒H有15种，N有九种。甲型流感可以出现大型变异、亚型变异和变种变异，根据抗原变异的大小、人体的原免疫力，对变异的新病毒可完全无效或部分无效，从而引起流感流行。甲型流感病毒常引起大流行，而且病情较重。乙型和丙型流感病毒引起流行和散发，病情相对较轻。