子宫颈腺囊肿绝大多数情况下都是子宫颈的生理变化，有部分也是宫颈的炎症，发生是因为子宫颈转化区内的鳞状上皮逐渐的取代了宫颈的柱状上皮。
由于新生的鳞状上皮覆盖了子宫颈腺管口或者是深入到了腺管，从而将分泌的腺体堵塞于腺管之内，造成的引流受阻、潴留，从而形成的囊肿。
由于子宫颈的局部损伤或者是长期的子宫颈慢性炎症，也有可能会发生改变。但是对于子宫颈腺囊肿，绝大多数情况下是不需要进行处理的，而且也不会导致子宫颈的癌变。
需要提出注意的是有一部分病人在深部的子宫颈腺囊肿，在子宫颈表面没有任何的异常，仅仅表现成子宫颈的肥大。因此，在这种情况下需要与子宫颈腺癌鉴别。