治疗细菌性痢疾的药物，最核心的是抗菌药物，目前临床上常用的包括以下两大类：
第一类，喹诺酮类的药物，比较常用的比如诺氟沙星、左氧氟沙星、环丙沙星，一般儿童和孕妇禁止使用。
第二类，头孢类的药物，常选用三代头孢，比如头孢地尼、头孢克肟。
以上抗菌药物，如果能够口服的患者，尽可能口服治疗，如果是不能够口服的患者，可以选用静脉的抗菌药物治疗。还有对症治疗，腹泻的患者如果伴有高热，体温在38.5℃以上时，可以选用退烧药物治疗，常用的有对乙酰氨基酚或者布洛芬。患者吐、泻的比较严重，需要注意补充水分和电解质，可以选用口服补液盐，一袋冲500ml的温水。治疗细菌性痢疾特别需要注意不能应用止泻药物，比如盐酸洛哌丁胺，也不能够应用保护肠黏膜的药物，比如蒙脱石散，这一类药物不利于细菌以及渗出物的排出，所以要特别注意。