扁桃体炎发作时咽痛比较明显，发作间歇期可有咽干、发痒、异物感、刺激性咳嗽等轻微症状。如若扁桃体隐窝内潴留了干酪一样的腐败物，或有厌氧菌感染，则可出现口臭。小儿由于扁桃体过度的肥大，可以出现睡眠打鼾、呼吸不畅、吞咽或者言语不明的障碍。由于扁桃体隐窝内有脓栓排出被咽下刺激到胃肠道，或者由于隐窝内的细菌被吸收，可以导致消化不良、头痛、乏力、低热等全身反应。