肛瘘初期有肛周脓肿的表现，肛周的红、肿、热、痛，肛周出现肿痛，或有局部的红肿，红肿疼痛难以忍受，肿物可能会自行破溃、流脓。
一般可使用拔毒类的软膏，如鱼石脂软膏经常涂抹，会蓄积脓液，拔毒外出。这个时候的外口和皮肤破溃以后的溃口一样，是很小的破溃，随着时间的延长，会变成坚硬质韧的硬结。
肛瘘初期的外口就像皮肤黏膜破损，是很浅的口，5-7天以后外口很可能自行闭合，但是下次脓肿急性期，脓肿再次流出会反复刺激溃口，变成摸起来比较硬韧的外口。