包皮上起了小水疱，很可能是感染了生殖器疱疹，这是一种性传播疾病。治疗上应该以抗病毒治疗为主，口服的药物有泛昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦等。也可以配合局部的抗病毒药剂外涂，比如使用喷昔洛韦乳膏。
如果疼痛明显，可以口服布洛芬来止痛，严重的疼痛可以口服加巴喷丁。如果水疱破溃，合并了细菌感染，也可以与抗生素药膏交替使用。治疗期间要保持充足的营养，常规的锻炼，多饮水，清淡饮食，这样才能增加机体抵抗力，因为清除病毒最终还是要靠自身。病毒并没有特效的治疗方法，有时候疱疹治愈还会复发，一般症状比初次发作要轻，复发的疗程相对也比较短。以上这些药物具体的疗程和剂量，应该在医生的指导下进行。