对于巧克力囊肿，如果是小的时候或者在5cm以内，暂不考虑手术时，首先可以尝试用中药来治疗，也可以用中成药来治疗。但是中药治疗效果不理想的时候，往往用GnRH这类的促性腺激素释放激素来从中枢控制激素水平，让月经不来潮，异位的子宫内膜也就不会有出血，卵巢的巧克力囊肿也就会得到治疗，但是药物治疗的效果都是短暂的，当停药几个月以后，内膜又会重新起死回生，又会来月经，异位的病灶又可能重新复发。