正常的月经是由中枢神经系统、下丘脑-垂体前叶和卵巢功能之间相互调节而控制的。
任何因素直接或者是间接影响下丘脑-垂体功能，导致下丘脑分泌促性腺激素的释放，以及垂体前叶分泌促性腺激素的功能低下或紊乱，从而影响到卵巢功能，引起三个月以上的停经，就称为下丘脑-垂体性闭经。
引起下丘脑性闭经的病因非常常见的是精神因素，往往是因为恐惧、忧虑、环境的改变，或者是搬家、寒冷的刺激等，都会引起下丘脑性闭经。当然还有其他的疾病，比如颅内器质性的病变，还有药物的影响等。