替代疗法就是由于身体缺乏某种激素，给予外源性的补充激素，以弥补机体原有内分泌腺，由于病理改变、手术或者身体退化造成的分泌功能减退，这种疗法称为替代疗法。
临床上常见的有，如甲状腺功能减退，是由于缺乏甲状腺激素，可以口服人工甲状腺激素来补充。糖尿病是由于胰岛素缺乏不足造成，可以应用人工合成的胰岛素来代替治疗。还有肾脏功能衰退、尿毒症，需要应用透析机来代替肾脏完成代谢。还有更年期的妇女绝经，出现激素的问题可以口服补充雌激素来治疗。