核磁共振属于相对比较安全的一种影像学检查方法，对身体没有太大的影响，患者感到不适主要分为两方面，包括做核磁共振扫描的时间比较长，所以患者有可能产生一定的焦虑和恐惧感，但是检查之后就会消失。有一些特殊的患者，比如有幽闭恐惧症的患者，如果患者有这样的病史，不适合做核磁共振检查。
核磁共振检查的噪音比较大，有些患者比较敏感，可能会产生一定的耳部不适感，但是这种不适感在检查之后就会消失，而且在检查之前也可以戴专用的耳塞来预防。除此之外，核磁共振对身体没有太大的影响，一般孕妇和婴幼儿也可以做此项检查。