一般儿童手足口病的潜伏期在2-10天，因为每个儿童的易感性有所不同，再加上手足口病毒的毒力也有所差异，因为引起手足口病的病毒主要包括柯萨奇病毒及EV71病毒。
儿童患有以上病毒感染以后，往往会引起一段时间的潜伏期，所以潜伏期短则2天，长则可达到10天左右。儿童接触过患有手足口病的患者以后，应及时的注意观察，最少观察10天左右，10天没有发病说明没有感染。