药物性的根尖周炎主要是在根管预备和充填以后，少数患者会出现局部肿胀、咬合痛、自发痛等症状，往往夜间加重，会到急诊室就诊。主要原因是由牙髓失活剂或者是根管消毒药，对根尖周围组织的化学性刺激而引起药物性的根尖周炎。常常引起药物性根尖周炎的药物如下：
1、牙髓失活剂，主要是三氧化二砷，具有细胞毒、神经毒以及原生质毒等作用。组织内对其毒性的降解根本不可能，所以很容易引起药物性的根尖周炎。
2、根管消毒药，例如FC，FC对组织的刺激性也比较强，如果根管渗出物或者是脓性分泌物比较多，可以使蛋白质凝固，从而堵塞根尖孔，影响分泌物引流，同时FC被渗出物浸泡，失去消毒作用。
如果出现了药物性的根尖周炎，需要打开根管取出药物，进行彻底冲洗，然后可以封入刺激性小的药物。