跑步时膝盖关节痛可以是以下几种原因引起：
第一、髌骨关节炎，当膝关节的髌骨和股骨之间的关节有慢性的炎症时，可以有关节软骨的损伤，就可以在膝关节活动时，特别是在跑步时髌骨与股骨之间相互摩擦加重，而导致关节疼痛，这时要检查膝关节的X线片、核磁共振来诊断。
第二、膝关节骨性关节炎，膝关节有骨性关节炎时也可以有膝盖的关节疼痛，特别是在跑步时疼痛比较严重，这是由于膝关节骨性关节炎累及了半月板、软骨以及软组织，出现了以上组织的损伤，在跑步时就可以有关节的疼痛。
第三、半月板的撕裂，当半月板后角、前角以及体部有撕裂时，也可以有跑步时膝盖关节疼痛的症状，这时要检查半月板的核磁共振来诊断和治疗。