巧克力囊肿怀孕的几率是非常低的，如果有了巧克力囊肿，是双侧都有只能是先手术，手术治疗以后防止复发。一般巧克力囊肿经过手术治疗，术后打三个月的亮丙瑞林的针防止复发。如果停了药以后，月经恢复正常，卵巢有正常的排卵，这样的几率是非常高的，巧克力囊肿这个病不好治，所以巧克力囊肿怀孕的几率一般相对来讲比较低。如果要是治得好，短时间没有复发，卵巢有正常排卵，如果身体各项功能正常，生育的能力还是有的。一旦要是发现巧克力囊肿，尽早手术，手术后一般用药防止复发，卵巢短时间内恢复正常的过程中，一定抓紧时间促排备孕，这样的几率相对来讲高一些。