抗结核药大多数都有一定副作用，所以在应用期间应该定期监测。有的人在用药一周之后可以出现过敏和胃肠道刺激症状，因为抗结核治疗疗程比较长。随着疗程的延长，大多数患者会出现肝肾功能异常，以及骨髓抑制的副反应。
抗结核药物常见的副作用有食欲不振、恶心、呕吐、腹痛及便秘等胃肠道反应，还可见肝脏损伤。常用的一线抗结核药，普遍具有肝损伤副作用，因此在治疗期间需要定期检查肝功，配合保肝、护肝治疗，肝功能不良者对部分药应当禁用。另外有的药物如乙胺丁醇、吡嗪酰胺等，可以导致患者急性痛风的发作。