真菌性的脓毒症往往是由于真菌感染以后导致的脓毒症的症状。真菌感染在ICU最常见的是念珠菌的感染。念珠菌的感染可以分为白色念珠菌、近平滑和克柔这一类的念珠菌。其次还有一些真菌，包括霉菌的感染或者隐球菌，这些感染都属于真菌感染的内容。在正常体质的人群当中，由于真菌感染引起的脓毒症是比较少见的。真菌感染往往容易出现在一些免疫功能欠缺或者是既往长期使用抗生素的病人身上。此外，器官移植的病人，由于进行了器官移植，有可能会需要进行一些长期免疫抑制的治疗，所以这一类的患者出现深部真菌感染的风险是很高的，有的文献报道可能会出现20%-40%的情况。