淋病后综合征治疗方面，根据感染的原因、检测出的病原体以及药物敏感试验的结果，选用敏感的抗细菌、衣原体、支原体、病毒、寄生虫，或者是酵母菌药物。若是衣原体感染，给予四环素类的药物来治疗。如果是L型淋球菌残存，应选用头孢菌素、喹诺酮类或者是壮观霉素这些药物来治疗。同时应用增强机体免疫功能的药物，比如胸腺素或者是干扰素等，作为辅助治疗的药物。如果是棒状杆菌、大肠杆菌、专性厌氧菌，选择针对性的药物进行治疗。