治疗乙肝的药物主要是针对慢性乙型肝炎的治疗药物，而且主要是抗病毒治疗的药物。抗病毒治疗的药物主要是干扰素、恩替卡韦、替诺福韦，这些药物都可以抑制病毒的复制。其中干扰素具有免疫双向调节的作用，不仅可以抑制病毒的复制，而且在乙型肝炎E抗原以及表面抗原的转换上也有明显的优势。恩替卡韦和替诺福韦都属于核苷类抗病毒药物，核苷类抗病毒药物的优势主要是抑制病毒复制的作用强、反应速度快、用药方便、副作用很小。但核苷类抗病毒药物需要长期、规律的用药，不能擅自停药，擅自停药可能会使病情加重，引起严重的肝功能损伤，甚至肝衰竭。
目前的抗病毒药物主要是抑制血液中的病毒复制，而不能进入到肝细胞核内抑制cccDNA的复制，cccDNA对病毒的复制以及病毒携带状态有重要意义，但没有药物能够进入到细胞核中抑制其复制。cccDNA本身比较稳定和持久，其所生存的肝细胞是一个长寿细胞，耗竭cccDNA的难度也很大，所以这也是乙型肝炎难以彻底治愈的原因。