输卵管堵塞的治疗首先要查明输卵管堵塞的原因，是否是流产、引产、手术后粘连、结核或子宫内膜异位症等引起，要根据不同的病因来决定不同的治疗方式。要积极的治疗原发病、治疗结核治疗感染以及治疗子宫内膜异位症，输卵管堵塞的治疗原则以手术复通、切除吻合术为主，要根据输卵管病变的部位以及堵塞的程度来决定具体的治疗方式。
如果是输卵管近端堵塞，复通可以采用宫腔镜下COOK导丝复通术或输卵管部分切除再吻合术，对于输卵管中段的梗阻可以采用输卵管切断吻合术。对于输卵管远端堵塞主要以输卵管积水和输卵管远端粘连为主，可以采用输卵管造口术和输卵管伞端成形术，在手术过程中要分离附件周围的粘连。
对于输卵管术后的病人要求在六个月内积极治疗，尽早怀孕。如果六个月仍然没有自然怀孕可以采用体外受精胚胎移植术，如果输卵管堵塞情况比较严重，可以直接采用体外受精胚胎移植术。