亚急性感染性心内膜炎首先要进行抗微生物治疗，抗菌素要早期应用，选用杀菌性抗生素如青霉素钠、哌拉西林钠、他唑巴坦钠、头孢唑肟钠等，主要以静脉用药为主，保持高而稳定的血药浓度。对于顽固性感染性心内膜炎，有人工瓣膜置换术指征的患者，需要进行人工瓣膜置换术。如果抗感染治疗一周左右，复查降钙素原、血常规、CRP等指标，仍然有感染的存在需要及时的完善药敏培养检查，使用敏感的抗生素治疗，以防病情进展，出现心力衰竭或全身性感染等不良的后果。