功能性便秘是慢性便秘中的一种，是指找不到原因的便秘。功能性便秘包括出口梗阻型便秘、慢传输型便秘，以及混合型便秘。
功能性疾病是找不到任何器质性疾病的证据的，通过全身系统的检查，以及结肠镜、钡灌肠等检查都没有发现任何器质上的改变，这种情况下叫功能性疾病，功能性便秘也是属于其中一种。
功能性便秘通过生物反馈治疗以及药物对症处理，可以获得很好的疗效。
但巨结肠是一种器质性疾病，属于继发性便秘，巨结肠引起的便秘或者腹胀，只有通过手术才能真正得到解决，药物仅仅是对症，仅可以一过性的发挥作用。
所以功能性便秘是一种功能性疾病，而巨结肠是一种器质性疾病，治疗方法、预后都完全不同。