糜烂性直肠炎主要是以对症治疗为主。中医认为糜烂性直肠炎是属于肠风、脏毒的范畴，主要导致患者出现腹泻、腹部疼痛、大便黏液、脓血便，还会伴有里急后重感，病程比较长，并且反复发作。
对于湿热型的直肠炎患者，如表现为腹部疼痛、里急后重、肛门灼热、小便短少的患者，治疗时可通过口服中成药物木香槟榔丸进行治疗，对于急慢性胃肠炎、胃结石、消化不良、肠梗阻、糜烂性湿热型直肠炎。
引起的食积内阻可起到一定的治疗作用。寒湿型直肠炎患者会出现腹部胀痛、喜温喜暖，可通过藿香正气散或参苓白术散治疗，虚寒型的直肠炎患者容易出现口淡不渴、手足不温，治疗时可选择理中丸。