肾积水会影响肾功能，尤其长时间大量的积水没有得到有效的处理，可以导致患者肾功能受损，甚至出现肾功能衰竭。当发生肾积水时，肾盂内压力升高，此时肾脏滤过受到影响，当压力升高到一定程度时就会出现肾脏的滤过功能停止，甚至出现滤过返流的情况发生。
这样增高的肾盂内压力与反流性的情况，可以导致肾小球破坏，而造成有效肾单位缺失。有效肾单位缺失，肾脏的皮质就会变薄，最后导致全部的肾单位完全缺失，可以出现肾功能完全丧失。
此时肾脏已经被巨大的积水所包裹，并没有有效的肾实质，并没有有效的肾小球，所以就完全丧失了肾脏的正常滤过功能。人体的水分及代谢的毒素就不能通过肾脏滤过，蓄积在体内，最终就形成尿毒症。