急性肾盂肾炎的主要治疗原则是抗感染，常选用针对革兰氏阴性杆菌有效的抗生素，病情较轻的患者可在门诊口服用药，疗程在10-14天，常用的药物有喹诺酮类、青霉素类以及头孢类抗生素。
对于全身症状较重或者严重感染的患者，可以选择住院治疗，通过静脉给药进行抗感染治疗，疗程不少于两周，对于药物反应性较差的患者，可根据药敏的结果更换抗生素治疗。
除抗感染治疗外，患者还可以选用碳酸氢钠碱化尿液治疗，主要用于缓解症状、抑制细菌生长、避免形成血凝块等。