如果急性胃肠炎的患者出现高烧不退的情况，考虑患者出现严重的细菌感染，合并有病毒感染或其他真菌等病原微生物感染，导致的炎症反应。因此出现高烧不退，要给患者进行降温，可以应用的药物有非甾体类的抗炎药，如安瑞克、复方氨林巴比妥、索密痛，这些药物都可以起到对症，降低体温的作用效果。
如果患者确实出现细菌感染，可以应用的药物有，注射用氨基糖苷类抗生素、头孢菌素、氧氟沙星等。如果患者同时还合并有病毒感染，可以应用抗病毒的药物，例如口服更昔洛北、利巴韦林。如果患者还伴随有恶心、呕吐等胃肠道的刺激症状，可以应用一定的胃肠道黏膜保护剂，例如奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑。急性胃肠炎高烧的患者伴随离子失衡，可以补充电解质，维持水电解质酸碱平衡。